以iOS9系统为例，苹果的官方口径是说苹果6s没有防水功能的。但是相对以往的苹果手机，苹果6s在防水功能方面有所加强，因为苹果6s在屏幕和机身之间有加了一条防水胶带，重要的零件上面也都涂了防水涂料。所以如果不是很严重的进水，苹果6s吹干就可以正常使用；如果进水比较多，是很容易造成主板烧坏，从而损坏手机。所以苹果6s有一定的防水功能，但不是完全防水。所以在使用苹果6s的过程中还是应该避免接触到水。
北京时间2015年9月10日发布iPhone 6S Plus。除了原有的 金色， 银色，深空灰并推出 玫瑰金（粉色），屏幕采用高强度的Ion-X玻璃，处理器采用A9+M9处理器，CPU性能比A8提升70%，图形性能提升90%，后置摄像头1200万像素，前置摄像头500万像素。摄像头对焦更加准确，CMOS为了降噪采用“深槽隔离”技术，支持4K视频摄录。数据连接方面，支持23个频段的LTE网络，和2倍速度的WIFI连接。2015年9月25日发售。
2018年12月10日，高通公司宣布，在与苹果的两项专利纠纷案中获胜，中国福州中级人民法院初步裁定，禁止苹果公司在中国市场进口和销售包括iPhone 6S Plus在内的多款型号手机。
